病害虫や雑草を防除・駆除する方法として、天敵農薬や微生物農薬が挙げられる。天敵農薬は、植物病害虫を捕食する昆虫や動物を利用し、微生物農薬は、植物寄生性線虫に感染する細菌や昆虫病原糸状菌を利用する。
例として、天敵農薬のミヤコカブリダニやタイリクヒメハナカメムシ、微生物農薬のパスツーリア・ぺネトランスやバーチシリウム・レカニが挙げられる。
また、総合的病害管理（Integrated Pest Management：IPM）という技術もあり、現場に応じて利用可能な「有害生物駆除」技術を検討し、適切な判断を講じることで、経済的損害の許容範囲まで有害生物の発生を抑えながら、人の健康と環境へのリスクを軽減または最小化する。
昆虫病原性線虫は微生物農薬として分類され、実用化されている。
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