JR東日本の新幹線は遅延すると、同社が運行する他の路線にも問題が波及することがある。理由は、東京〜大宮駅間の線路を東北・山形・秋田・上越・北陸新幹線が共有しているためで、各地に向かう新幹線や首都圏に集まってくる新幹線とで、既に線路が逼迫しているからである。
JR東日本の新幹線は大宮駅から先も、線路が分かれている。福島駅では山形新幹線の線路が分かれ、盛岡駅では秋田新幹線の線路が分かれており、新潟・北陸方面に向かう新幹線も途中の高崎駅で線路が分かれている。
異なる方面に向かう新幹線が同じ線路を共用したり、途中で列車の切り離しや連結があったりと、東海道新幹線とは異なる複雑な運用をしているのがJR東日本である。


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