環境DNA分析で得られるDNA配列データには、生物由来の真の配列に加えて、PCR過程で生じるノイズ配列や偽のDNA配列が含まれることが知られています。研究者はこれらの偽のDNA配列を除去して真のDNA配列を残す方法を提案してきましたが、効果が十分とはいえず、フィルタリングの設定値を恣意的に決めているという問題がありました。
小関右介准教授らは、新たな配列フィルタリング手法「gmmDenoise」を開発し、その性能評価と実用性の検討を行いました。gmmDenoiseは、偽のDNA配列の生成過程に関する理解に基づく新しい方法で、既存手法と比較して高信頼度での配列フィルタリングが可能です。
研究では、アユ飼育水から得た環境DNAデータを用いてgmmDenoise法と既存手法の配列フィルタリング処理の成績を比較し、gmmDenoise法が優れていることを示しました。また、実際にアカザのDNA配列型の分析結果も提示しています。
この研究はJSPS科研費の助成を受けて行われました。論文はMolecular Ecology Resources誌に掲載され、早期オンライン公開されています。
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